İlk olarak Ardahan Üniversitesi'nin 2008 yılı itibariyle kurulduğu dönemde Sosyal Bilimler Enstitsü ve Fen Bilimleri Enstitüsü'nün faal olarak mevcudiyeti ile birlikte üniversite bünyesinde lisansüstü öğretime ilişkin temel adımlar atılmıştır.  Ardahan Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 4 Ekim 2019 tarih ve 30908 Sayılı Resmi Gazete`de yayınlanan 1614 Sayılı Cumhurbaşkanı kararı ile Ardahan Üniversitesi Rektörlüğü`ne bağlı olarak kurulmuştur. Günümüz değişen koşullarına uyum sağyalan çağdaş, bilimsel açıdan donanımlı, bilgiye erişimi mümkün kılan teknolojik altyapısa sahip her türlü olanak ve gereklilikleri karşılayan enstitümüz, sahip olduğu tüm potansiyeli ile birlikte yeni bilim adaylarına tüm birikimlerini aktarmakla kendini sorumlu gören bir birim olarak faaliyetlerine devam etmektedir.  Enstitümüz halihazırda İnsani Bilimler Fakültesi, İktisadi ve İdari Bİlimler Fakültesi, Spor Bilimleri Fakültesi, İlahiyat Fakültesi Mühendislik Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi ve Güzel Sanatlar Fakültesi bünyesinde bağlantılı 21 bölüm/anabilim dalı ile öğretim faaliyetlerie devam etmektedir.  2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı itibarıyla, 197 tezli yüksek lisans, 3 tezsiz yüksek lisans, 30 doktora olmak üzere 230 kişi mezun olmuştur. Kuruluşundan bu zamana 1 doktora, 21 tezli ve 1 tezsiz olmak üzere toplamda 23 program açılmıştır.